Muuseumi raamatukogu koosneb teaduslikust käsiraamatukogust ja muuseumi põhifondi kuuluvast raamatufondist. Trükiste koguarv ületab 30 000.

Muuseumi põhifondi kuulub ligikaudu 18 800 trükist. Põhifondi osadena on arvel ka Kaarli Naanuri (üle 3100) ja Tõnis Kihuoja (ligi 3600) eraraamatukogud.

Raamatufondi kuuluvad eelkõige Viljandi linna või Viljandimaaga seotud trükised. Vana-raamatu (16.-18. saj.) osa pole suur - ligi 400 trükist.

Eestikeelseid raamatuid on alates 1739. aastast - Piibli Ramat, ... - esimese eestikeelse Piibli näol. Esimese Eesti Vabariigi aegse raamatu kogumise objektiks on olnud Viljandimaaga seotud autorid ja teatmekirjandus, aimekirjandus. Kalendrikirjandust võib loetleda 178 nimetust. Pagulaskirjandust on üle viiesaja raamatu.

Võõrkeelsed raamatud (saksa, ladina, prantsuse, poola, vene keeles) on kogus alates 1566. a. - Timotheus Kirchneri kristluse põhimõisteid seletav tesaurus. Lai valik on ka võõrkeelseid vanemaid sõnaraamatuid ja entsüklopeediaid.

Raamatufondis säilitatakse enamikku eesti ajakirjanduse ajaloo tähtsamatest väljaannetest. Eestikeelne perioodika on esindatud sajakonna ajalehe nimetusega. Ajakirju võib loetleda ligikaudu 250 nimetust. Pooled neist on esindatud peaaegu täielikult.

Võõrkeelset perioodikat leidub muuseumis napimalt, küll aga on saksakeelseid ajakirju oma 70 nimetusega nii ajaloo, geograafia kui ühiskonnateaduste alalt.