Muuseumi püsinäitus algab Eesti loodust tutvustavatest vitriinidest, kus on tüüpiliste looma- ja linnuriigi esindajate topised. Loodussaali keskel püüab tähelepanu 1999. aastal Viljandi järvest püütud rekordhaug. 

» Loodusnäituse tutvustus
» Haugi püüdmise lugu

Viljandimaa ajalugu tutvustav väljapanek algab esiajast pärinevate eksponaatidega. Nähtavad töö-, tarbe- ja sõjariistad ning ehted kuuluvad ajavahemikku mesoliitikumist 13. sajandi esimese veerandini. Ilmestamiseks on valmistatud Lõhavere ülikulinnuse makett, koopia samast leitud ehtevakast ning muistse eesti sõjamehe kuju.
» Esiaja näitus
» Lõhavere linnus

Viljandimaa keskaja ja varase uusaja väljapanek kajastab Viljandimaa elu-olu ning Viljandi linnuse arhitektuuri 13. sajandi keskpaigast kuni 17. sajandi alguseni. Ruumi kesksed eksponaadid on Viljandi ordulinnuse rekonstruktsioon ja aastatel 1878.–1879. samas toimunud arheoloogilistel kaevamistel leitud kapiteelid. Vitriinides on eksponeeritud  arheoloogilised leiud kogu Viljandimaa alalt. Omaette osa moodustavad Liivi ja Poola-Rootsi sõdadest pärinevad militaarsed eksponaadid.
» Viljandimaa keskajal 1223–1600
» Viljandi ordulinnus
» Ordulinnuse kapiteelid

Neljas ruum keskendub Viljandi linna ja Viljandimaa ajaloole 17.–19. sajandini. Siin on välja pandud dokumentaalset ja esemelist materjali Viljandimaa mõisatest ning taludest. Üks osa on eraldatud Viljandi linnavalitsust kajastavale materjalile: ametirahad, pitsatid jm.

Kaks järgnevat ruumi kajastavad eesti talupojakultuuri. Viljandimaal kasutusel olnud maja- ja tarberiistad ning talupojamööbel on paigutatud lavastuslikku rehetuppa.
» Loe pikemalt rehetoast...

Eraldi ruumis asuv rahvarõivaste ning ehete ja käsitöö väljapanek annab ülevaate Viljandimaa elanike ilumeelest läbi aastasadade.

Teisel korrusel jätkub püsinäitus esmalt Viljandimaa 19. sajandi teise poole ja järgneva sajandivahetuse kajastamisega. Välja pandud esemed ja fotokoopiad annavad ülevaate maakonna majanduslikust, kultuurilisest, hariduslikust ja poliitilisest ajaloost. Vaataja näeb, mida Viljandimaal enne 1918. aastat toodeti, milline oli siinne ärielu, milliseid uuendusi tehti – raudtee, telefon jm. Põgusa ülevaate saab nii eesti kui ka saksa seltsielust ning siinsetest koolidest.

Poliitika valdkonnast on käsitletud 20. sajandi esimese poole sündmusi – Vene revolutsioone ja Esimest maailmasõda. Ülevaade lõpeb Saksa okupatsiooni sündmustega 1918. aastal.

Lavastuslik seltsimaja puhkenurk loob ettekujutuse sajandivahetuse ühiskondliku hoone sisustusest.

Järgmise osa moodustab riigi väljakuulutamise ja Vabadussõjaga alanud Eesti Vabariigi periood 1918–1940. Maakonna üldist arengut käsitleva osa kõrval võib külastaja tutvuda selle ajastu raadiovastuvõtjate ja militaarkogudega. Näha saab kolme Eesti Vabariigi sõjaväelase – kolonelleitnant Martin-Friedrich Bergmanni, kolonel-leitnant Artur Tenno ja kolonel Johannes-August Vellerindi kollektsioone, kuhu kuuluvad isiklikud relvad, esemed, aumärgid ja dokumendid. Välja on pandud  ka muuseumi renoveerimistööde käigus 1999. aastal leitud Kaitseliidu Sakalamaa maleva auhinnakogu

Eesti Vabariigi hävingu ja Teise maailmasõja aega iseloomustavas osas valdavad aastatest 1940–1944 pärinevad propagandamaterjalid, Nõukogude ja Saksa poole kergerelvastus ning sõjavarustus.

Pärastsõjaaegset kolhooside ajastut iseloomustavad aastail 1955–1957 kunstnik Juhan Muksi loodud ja 1999. aastal värskendatud dioraamid, mis kujutavad tollast põllumajandust.

Samas ruumis on väike küüditamisele ja metsavendlusele pühendatud väljapanek.
Lisaks saab samas vaadata vaatefilme.